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非酶DNA清除劑

2020/3/22 17:05:45

背景[1-7]

非酶DNA清除劑是一種使用破壁酶(Lyticase)消化去除酵母細胞壁,然后采用一種新型的酵母質粒純化柱實現(xiàn)從酵母細胞中進行小量質粒快速抽提的試劑盒。非酶DNA清除劑本實驗方法的基本原理是,在高鹽狀態(tài)下,硅膠膜專一性地吸附DNA;而在低鹽或水溶液狀態(tài)下,DNA被洗脫下來。此法簡便快捷,可在30分鐘內同時提純二十多個樣品。

從3~5ml培養(yǎng)過夜的含高拷貝質粒的菌液中可以獲得10~20μg高純度的質粒DNA,用于酶切、轉化、DNA自動測序和手工測序等。用Trizol等方法提取的細胞總RNA樣品中經常會含有基因組DNA污染,這些污染會影響下游的RT-PCR和Northern雜交等實驗。目前最常用的RNase-freeDNase處理方法因DNase中所含殘留的RNase能破壞RNA完整性而具有很大缺陷。開發(fā)的非酶DNA清除劑不但徹底避免了RNase-free DNase的這一缺陷,同時還具有操作快速,穩(wěn)定性好和性價比高等諸多優(yōu)點,完全可以替代價格昂貴的RNase-free DNase。

特點:

1無需酚氯仿抽提,無需酒精沉淀,12個樣品只需約1-1.5小時即可完成。

2試劑盒提供了破壁酶(Lyticase),酵母收集后,加入Lyticase消化去除細胞壁,接著采用傳統(tǒng)堿裂法裂解細胞,然后將獲得的上清液轉移至結合柱結合DNA,經過離心快速洗滌,最后用洗脫液洗脫出酵母質粒DNA。

3由于采用了高濃度的破壁酶,無需再使用玻璃珠,可以避免因為玻璃珠的機械作用帶來的酵母基因組DNA污染。

非酶DNA清除劑純化柱可以結合的質粒量的上限約為20微克。質粒DNA的產量依賴于酵母攜帶質粒的拷貝數,酵母菌株以及生長條件。通常酵母質粒的拷貝數較低,1.5-5ml培養(yǎng)過夜的酵母抽提獲得的質粒DNA量約為1-3微克左右。高拷貝酵母質粒抽提時的得率會大大提高。抽提所得質粒的量與酵母培養(yǎng)濃度、質??截悢怠⒔湍钙废档纫蛩赜嘘P。

應用[8][9]

非酶DNA清除劑可用于高純度RNA提取中的DNA的去除:

在擬南芥Flowering Locus T基因生物功能及其mRNA移動能力研究需要提取高純度的RNA。擬南芥開花誘導基因網絡主要是通過光周期途徑(photoperiod pathway)、春化途徑(vernalization PathWay)、自發(fā)途徑(autonomous pathway)和赤霉素途徑(GA pathway)等4個途徑進行的,有很多相關基因起作用,其中擬南芥FLOWERING LOCUS T(FT)基因在其成花信號基因網絡中起很重要的整合作用,在光周期誘導途徑中,擬南芥葉片中光受體與相關感光節(jié)律基因構成的生物節(jié)律鐘感受光周期信號,調控CONSTANS(CO)基因節(jié)律表達,CO基因在合適光周期調控下,將開花信號傳導至FT基因,引起葉片中FT基因表達,F(xiàn)T基因表達產物、FT mRNA單獨或相互作用,經韌皮部長距離運移到頂端分生組織,調節(jié)下游分生組織及花器官決定基因形成花芽開花。

FT基因在光周期及其它開花誘導途徑中起開花信號關鍵整合作用,也是現(xiàn)在已知在葉片中感受開花信號而長距離作用于頂端分生組織的基因。本試驗對擬南芥FT基因的研究取得了如下研究結果:采集16h長日照條件下始花期野生型擬南芥葉片為樣本,采用異硫氰酸胍法提取總RNA,利用RT-PCR法成功克隆得到擬南芥開花誘導遺傳網絡中關鍵的樞紐基因FLOWERING LOCUST(FT),分析得到完整FT基因閱讀框序列,完整閱讀框架長度為528bp,經與NCBI GeneBank數據庫比對序列完全正確。

參考文獻

[1]Export of FT Protein from Phloem Companion Cells Is Sufficient for Floral Induction in Arabidopsis[J] . Johannes Mathieu,Norman Warthmann,Frank Küttner,Markus Schmid.  Current Biology . 2007 (12)

[2]INTEGRATIVE PLANT BIOLOGY: Role of Phloem Long-Distance Macromolecular Trafficking[J] . Tony J. Lough,William J. Lucas.  Annual Review of Plant Biology . 2006

[3]Conservation and Divergence of FCA Function between Arabidopsis and Rice[J] . Jeong-Hwan Lee,Young-Sil Cho,Hoon-Seok Yoon,Mi Chung Suh,Jihyun Moon,Ilha Lee,Detlef Weigel,Choong-Hyo Yun,Jeong-Kook Kim.  Plant Molecular Biology . 2005 (6)

[4]The SOC1 MADS‐box gene integrates vernalization and gibberellin signals for flowering in Arabidopsis[J] . JihyunMoon,Sung‐SukSuh,HorimLee,Kyu‐RiChoi,Choo BongHong,Nam‐ChonPaek,Sang‐GuKim,IlhaLee.  The Plant Journal . 2003 (5)

[5]FY Is an RNA 3′ End-Processing Factor that Interacts with FCA to Control the Arabidopsis Floral Transition[J] . Gordon G Simpson,Paul P Dijkwel,Victor Quesada,Ian Henderson,Caroline Dean.  Cell . 2003 (6)

[6]Potato virus X: a model system for virus replication, movement and gene expression[J] . Jeffrey S.Batten,ShigeoYoshinari,CynthiaHemenway.  Molecular Plant Pathology . 2003 (2)

[7]The VERNALIZATION INDEPENDENCE 4 gene encodes a novel regulator of FLOWERING LOCUS C[J] . Hua Zhang,Steven Van Nocker.  The Plant Journal . 2002 (5)

[8]The VERNALIZATION 2 Gene Mediates the Epigenetic Regulation of Vernalization in Arabidopsis[J] . Anthony R. Gendall,Yaron Y. Levy,Allison Wilson,Caroline Dean.  Cell . 2001 (4)

[9]劉旭新. 擬南芥Flowering Locus T基因生物功能及其mRNA移動能力研究[D].西北農林科技大學,2008.

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