異硫氰酸酯是一類重要的有機合成中間體，可參與多種有機反應，用于合成多種類型的含硫、氮、氧的化合物特別是雜環(huán)化合物，廣泛應用于農(nóng)藥、醫(yī)藥、染料等有機合成產(chǎn)品的制備。其合成的雜環(huán)化合物大多數(shù)具有生物活性，如在農(nóng)藥上用作抗菌、殺蟲劑、除草劑等，在醫(yī)藥上用于抗菌消炎以及癌癥等疾病的治療，還可以用于測定肽和蛋白質(zhì)中氨基酸順序以及作為熒光素標記物。異硫氰酸酯既可用來制備相應的小分子含硫、含氮類化合物，也可與含胺基類樹脂反應，生成含硫脲基團的硫脲樹脂。該樹脂對Cu2+、Fe3+等金屬離子具有優(yōu)良的吸附性，可用作金屬礦物浮選藥劑、水質(zhì)處理等。