Cyanine3-氨基 是 Cyanine3 amine 的類似物，是一種有效的綠色熒光染料。Cyanine3 amine hydrochloride 具有伯胺基團，并與活性基團如 NHS 酯、羧基(在碳二亞胺活化后)和環(huán)氧化物共價偶聯(lián)。(λex=555 nm，λem=570 nm)。Cy3 (Cyanine 3) 是一種發(fā)橘黃色熒光的花青素?zé)晒馊玖稀Ｋ臒晒夂芰?，并且對pH不敏感，一般可以用530nm-561nm的激光束激發(fā)然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的濾片觀察，所以在絕大部分熒光儀器上都可以使用。標(biāo)記后，Cy3的背景熒光一般認(rèn)為比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用來標(biāo)記蛋白，抗體，多肽，核酸分子，納米粒等。
伯胺基(primary amine)是生物標(biāo)記反應(yīng)中常用的基團。蛋白表面賴氨酸側(cè)鏈(residue)官能團就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester),異氰酸酯(-N=C=S，isothiocyanate)或其它活化基團反應(yīng)生成穩(wěn)定鏈接，從而把Cy3分子連接到目標(biāo)分子上。
Cy3-伯胺的水溶性較低，所以在水相的標(biāo)記反應(yīng)體系內(nèi)需要使用有機共溶劑，常用有機溶劑包括DMF，DMSO和乙腈等。如需標(biāo)記的分子對有機溶劑敏感，可選擇磺化花青素（sulfonated cyanine），即磺化-Cy3-伯胺。兩者的光譜性質(zhì)幾乎一致，因此大部分應(yīng)用可相互替換。兩者的主要區(qū)別在于：磺化染料是水溶性的，在水相的標(biāo)記反應(yīng)體系內(nèi)不需要使用有機共溶劑，并且降低染料在水中聚集的可能性，增強標(biāo)記效率。
Cy3-伯胺標(biāo)記后的產(chǎn)物Ex/Em是554/566nm。和它具有相似熒光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY? TMR-X等。

• Cy3-伯胺水溶性較低，標(biāo)記反應(yīng)可在有機溶劑中進行或者含有機助溶劑的水相中進行。
• 標(biāo)記時使用不含氨基的緩沖體系，比如磷酸鈉緩沖液（PBS），Hepes緩沖液，碳酸氫鈉緩沖液；或硼酸緩沖液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的緩沖液，比如Tris，甘氨酸等，它們會和Cy3上的伯胺競爭。高濃度咪唑(imidazole)也會影響反應(yīng)。
• 標(biāo)記反應(yīng)不要放在強光下，因為大部分熒光化合物在強光下長時間照射會緩慢光漂泊(photobleaching)。

外觀 :    紅色固體
ex/em :    554/566 nm (PBS緩沖液)
消光系數(shù)(ε) :    150000 L?mol?1?cm?1
量子產(chǎn)率(Φ) :    0.31