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上海瀚香生物科技有限公司

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PROTAC藥物開發(fā)選擇VHL配體:MDK-7526以87%出口向量占有率成首選

發(fā)布日期:2026/5/22 11:23:19發(fā)布人:上海瀚香生物科技有限公司閱讀量:48

MDK-7526是一種基于VH032結(jié)構(gòu)的VHL配體,專門設(shè)計用于募集VHL E3泛素連接酶。它的核心特點是N端帶有游離胺,是目前PROTAC(蛋白降解靶向嵌合體)合成中最常用的VHL招募連接位點。據(jù)統(tǒng)計,在已發(fā)表的VHL-recruiting PROTAC中,約87%采用這個位點進(jìn)行連接[1][2]。MDK-7526為PROTAC藥物開發(fā)提供了關(guān)鍵的分子工具,推動了靶向蛋白降解領(lǐng)域的研究進(jìn)展。


研究背景

  PROTAC技術(shù)是一種利用細(xì)胞內(nèi)泛素-蛋白酶體系統(tǒng)選擇性降解目標(biāo)蛋白的新興策略。與傳統(tǒng)的小分子抑制劑不同,PROTAC分子通過同時結(jié)合目標(biāo)蛋白和E3泛素連接酶,形成三元復(fù)合物,促使目標(biāo)蛋白被泛素化標(biāo)記,最終被26S蛋白酶體識別并降解[1]。


  在這個技術(shù)路線中,E3泛素連接酶的配體選擇至關(guān)重要。目前研究最充分的E3配體主要分為兩類:一類是基于沙利度胺(thalidomide)及其衍生物的CRBN配體,另一類是基于VHL(von Hippel-Lindau)蛋白的小分子配體。VHL配體以其高選擇性和良好的藥代動力學(xué)特性,在PROTAC設(shè)計中占據(jù)重要地位。


  VHL-HIF-1α相互作用的研究為VHL配體的開發(fā)奠定了基礎(chǔ)。1992年,HIF-1α在Hep3B細(xì)胞中被首次發(fā)現(xiàn)[2]。后續(xù)研究揭示,pVHL蛋白負(fù)責(zé)HIF-1α的泛素化和降解。VHL-HIF-1α復(fù)合物的共晶結(jié)構(gòu)進(jìn)一步闡明了關(guān)鍵的羥脯氨酸識別機制,這成為設(shè)計小分子VHL配體的理論基礎(chǔ)。


MDK-7526的發(fā)展歷程

  2012年前后,CrewsCiulli實驗室開始開發(fā)第一批非肽類小分子VHL配體,早期化合物的結(jié)合力處于微摩爾級別。隨后,Ciulli實驗室采用**基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(structure-based drug design)**策略,逐步優(yōu)化配體的結(jié)合親和力。


  第一代代表性化合物VH032的Kd值約為185 nM[2]。在VH032基礎(chǔ)上進(jìn)一步優(yōu)化,得到VH101(Kd約44 nM)和VH298(亞100 nM結(jié)合力)等活性更高的化合物。


  MDK-7526即VH032脫去乙?;蟮?span style="box-sizing: border-box; font-weight: 700; margin: 0px; padding: 0px; border: 0px;">游離胺形式(VH032-NH2),專門為PROTAC合成設(shè)計。N端的游離胺提供了與其他分子模塊連接的反應(yīng)位點,使得MDK-7526能夠作為VHL-recruiting PROTAC的關(guān)鍵組成部分。2015年,Ciulli實驗室報道了首批VHL-recruiting PROTAC,其中MZ1靶向BET蛋白[3]。同年,Bondeson等人也報道了PROTAC_RIPK2和PROTAC_ERRα等分子[1]。


  截至目前,已有超過750種VHL-recruiting PROTAC被發(fā)表,這些分子靶向50多種不同的POI(目標(biāo)蛋白),涵蓋腫瘤、神經(jīng)退行性疾病、代謝性疾病等多個治療領(lǐng)域。


作用機制與分子特性

作用機制

  MDK-7526的作用機制與其作為E3連接酶配體的功能密切相關(guān)。它能夠特異性結(jié)合VHL(von Hippel-Lindau)E3泛素連接酶,在PROTAC分子中扮演"招募器"的角色。當(dāng)MDK-7526通過酰胺鍵與**linker(連接子)**連接,而linker另一端連接目標(biāo)蛋白配體時,整個分子就能同時結(jié)合E3連接酶和目標(biāo)蛋白,形成三元復(fù)合物。


  以GMB-475為例,這是將MDK-7526與BCR-ABL1配體連接形成的PROTAC分子。研究顯示,GMB-475在Ba/F3細(xì)胞中誘導(dǎo)BCR-ABL1降解的IC50(半數(shù)抑制濃度)值為1.11 μM[1]。這說明MDK-7526作為VHL招募組件,能夠有效介導(dǎo)目標(biāo)蛋白的泛素化降解。


  MDK-7526也可以結(jié)合雄激素受體(AR),使AR靠近泛素連接酶,從而影響AR的降解和抑制[4]。這種特性使其在前列腺癌相關(guān)PROTAC研究中具有應(yīng)用價值。


分子參數(shù)

參數(shù)項

規(guī)格數(shù)據(jù)

CAS號(鹽酸鹽)

1448189-80-7

CAS號(游離堿)

1448297-52-6

化學(xué)名

(2S,4R)-1-((S)-2-氨基-3,3-二甲基丁?;?-4-羥基-N-(4-(4-甲基噻唑-5-基)芐基)吡咯烷-2-甲酰胺鹽酸鹽

分子式(HCl)

C22H31ClN4O3S

分子量(HCl)

467.02 g/mol

分子式(游離堿)

C22H30N4O3S

分子量(游離堿)

430.56 g/mol

外觀

白色至黃色固體粉末

純度

≥98%(HPLC),部分批次可達(dá)99.81%

InChIKey

JYRTWGCWUBURGU-XIMRXPCLNA-N

MDK-7526鹽酸鹽化學(xué)結(jié)構(gòu)式

MDK-7526化學(xué)結(jié)構(gòu)式

物理化學(xué)性質(zhì)


  MDK-7526的預(yù)測理化參數(shù)為化合物開發(fā)和配方研究提供了參考:


  根據(jù)計算化學(xué)方法預(yù)測,MDK-7526鹽酸鹽的沸點約為691.6±55.0 °C,閃點約為372.1±31.5 °C,密度約為1.254±0.06 g/cm3。這些參數(shù)表明該化合物在常規(guī)實驗條件下具有良好的熱穩(wěn)定性。


  溶解性方面,游離堿形式在DMSO中的溶解度為86 mg/mL(約199.73 mM),在乙醇中同樣為86 mg/mL,在水中的溶解度為10 mg/mL(約23.22 mM)。較高的有機溶劑溶解度有利于PROTAC分子的合成和后續(xù)的化合物純化。


  儲存條件:粉末狀態(tài)下-20°C避光保存有效期為3年,溶液狀態(tài)下-80°C保存有效期為2年。建議避光保存以維持化合物穩(wěn)定性。


在PROTAC設(shè)計中的角色


出口向量選擇


  MDK-7526的N端游離胺是VHL-recruiting PROTAC中最主要的連接位點。統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示,在已報道的VHL-PROTAC分子中,約**87%**使用這個出口向量(exit vector)進(jìn)行連接[2]。其他出口向量還包括芐基位置(約5%)和鄰位苯酚(約8%)等。


  為什么N端游離胺如此受歡迎?這主要歸因于幾個因素:首先,這個位置位于VHL配體的"尾部",遠(yuǎn)離與VHL蛋白結(jié)合的關(guān)鍵區(qū)域,因此連接linker后對結(jié)合活性的影響較?。黄浯?,游離胺的化學(xué)反應(yīng)活性適中,便于與各種羧酸類linker形成穩(wěn)定的酰胺鍵;最后,這個設(shè)計策略在大量PROTAC分子中得到驗證,已經(jīng)證明了其可靠性和通用性。


連接策略


  MDK-7526通過酰胺鍵與linker連接,linker的另一端再與目標(biāo)蛋白配體連接。這種模塊化的設(shè)計使得研究人員可以根據(jù)需要靈活調(diào)整PROTAC分子的結(jié)構(gòu),優(yōu)化其細(xì)胞滲透性和降解活性。


  Linker的選擇是PROTAC設(shè)計中的另一個關(guān)鍵環(huán)節(jié)。常見的linker類型包括烷基鏈、聚乙二醇(PEG)鏈哌嗪鏈等。Linker的長度和性質(zhì)會影響PROTAC分子的細(xì)胞攝取效率、代謝穩(wěn)定性和三元復(fù)合物形成的動力學(xué)參數(shù)。


制備方法與合成工藝


關(guān)鍵構(gòu)建模塊


  MDK-7526的合成涉及三個關(guān)鍵的分子構(gòu)建模塊:


  (1)(2S,4R)-4-羥脯氨酸核心:這是MDK-7526分子中具有手性中心的吡咯烷環(huán)結(jié)構(gòu),4位羥基是重要的功能基團(tuán)。


  (2)4-(4-甲基噻唑-5-基)芐胺:含有噻唑環(huán)結(jié)構(gòu)的芐胺衍生物,是與VHL蛋白結(jié)合的關(guān)鍵基團(tuán)。


  (3)叔亮氨酸:提供( S)-2-氨基-3,3-二甲基丁?;Y(jié)構(gòu)單元,影響分子的整體理化性質(zhì)。


合成路線


  VH032胺的合成主要有線性路線匯聚路線兩種策略。線性路線按照反應(yīng)順序逐步構(gòu)建分子骨架;匯聚路線則分別合成關(guān)鍵片段,最后通過關(guān)鍵偶聯(lián)反應(yīng)組裝。


  Heck偶聯(lián)反應(yīng)是合成中的重要步驟。Boc保護(hù)的4-溴芐胺與4-甲基噻唑在Pd(OAc)?催化下,于130°C進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng),形成含有噻唑環(huán)的芐胺中間體。這一步驟的條件優(yōu)化對于提高反應(yīng)收率和減少副產(chǎn)物至關(guān)重要。


工藝放大


  科研級和工業(yè)化生產(chǎn)需要考慮合成工藝的可放大性。已報道的無柱色譜克級規(guī)模合成工藝可在一周內(nèi)生產(chǎn)42.5g VH032胺鹽酸鹽,總收率達(dá)到65%純度97%[5]。這一工藝路線的關(guān)鍵是采用高效的偶聯(lián)反應(yīng)和簡便的純化策略,避免了耗時耗力的柱色譜分離。


  最終產(chǎn)品通過HCl成鹽獲得固體形式,便于儲存和稱量使用。瀚香生物可提供從毫克級到克級的MDK-7526產(chǎn)品,滿足不同規(guī)模的實驗需求。


PROTAC領(lǐng)域發(fā)展與市場前景

市場數(shù)據(jù)

  PROTAC技術(shù)自2015年首次報道以來,發(fā)展速度令人矚目。2025年全球PROTAC市場規(guī)模約5.0億美元。根據(jù)行業(yè)分析預(yù)測,到2035年市場規(guī)模有望增長至63.3億美元,2026-2035年期間的復(fù)合年增長率(CAGR)約為25.1%[6]。


  這一快速增長的背后是PROTAC技術(shù)在多個治療領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用潛力和不斷涌現(xiàn)的臨床進(jìn)展。

PROTAC與其他常用藥物結(jié)構(gòu)的特點對比

臨床進(jìn)展

  截至2025年中,全球已有超過40種PROTAC候選藥物進(jìn)入臨床試驗階段。在研藥物覆蓋了腫瘤、自身免疫性疾病、神經(jīng)退行性疾病等多個治療領(lǐng)域。


  ARV-471(通用名:vepdegestrant)是全球首個完成III期臨床試驗并遞交NDA(新藥上市申請)的PROTAC藥物。2025年6月,該藥物正式向藥品監(jiān)管部門提交上市申請,標(biāo)志著PROTAC技術(shù)從實驗室走向臨床應(yīng)用的重要里程碑[6]。


主要靶點分布

  在VHL-recruiting PROTAC領(lǐng)域,主要的研究靶點包括:

靶點

適應(yīng)癥

臨床階段候選藥物數(shù)量

AR(雄激素受體)

前列腺癌(尤其是mCRPC)

≥4款

BTK(布魯頓酪氨酸激酶)

慢性淋巴細(xì)胞白血病等血液腫瘤

≥4款

ER(雌激素受體)

ER+/HER2-晚期乳腺癌

≥4款

EGFR(表皮生長因子受體)

非小細(xì)胞肺癌等實體瘤

≥4款


  此外,IRAK4、BCL6等新興靶點的PROTAC候選藥物也在積極開發(fā)中,顯示出PROTAC技術(shù)在更廣泛疾病領(lǐng)域的應(yīng)用潛力。

PROTAC領(lǐng)域的里程碑事件

靶點與適應(yīng)癥詳解

雄激素受體(AR)

  AR是治療前列腺癌的核心靶點,尤其對于**轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌(mCRPC)**患者,AR信號的持續(xù)激活是疾病進(jìn)展的關(guān)鍵驅(qū)動因素。傳統(tǒng)的AR抑制劑通過競爭性結(jié)合AR,阻斷雄激素信號傳導(dǎo)。然而,長期用藥后患者往往會出現(xiàn)耐藥突變,導(dǎo)致治療失敗。


  VHL-recruiting PROTAC通過招募E3連接酶促進(jìn)AR的蛋白酶體降解,有望克服部分耐藥機制。研究顯示,這類分子在多種前列腺癌模型中展現(xiàn)出有效的AR降解活性和抗腫瘤效果。


BCR-ABL1

  BCR-ABL1融合蛋白是**慢性髓性白血病(CML)**的致病驅(qū)動因子。第一代TKI(酪氨酸激酶抑制劑)伊馬替尼的上市徹底改變了CML的治療格局。然而,部分患者對伊馬替尼耐藥,需要二線或三線TKI治療。


  以MDK-7526為VHL配體設(shè)計的GMB-475可誘導(dǎo)BCR-ABL1降解,IC50值為1.11 μM[1]。這種蛋白降解策略為耐藥CML患者提供了新的治療思路。


BET蛋白

  BET(溴結(jié)構(gòu)域和超末端結(jié)構(gòu)域)蛋白包括BRD2、BRD3、BRD4和BRDT,是重要的表觀遺傳調(diào)控因子。BET蛋白在多種腫瘤中表達(dá)上調(diào),促進(jìn)腫瘤細(xì)胞增殖和存活。


  Ciulli實驗室報道的首批VHL-recruiting PROTAC中,MZ1即為靶向BET蛋白的分子[3]。后續(xù)研究中,多款BET-PROTAC進(jìn)入臨床前和臨床研究階段。


雌激素受體(ER)

  ERER+/HER2-乳腺癌的關(guān)鍵治療靶點。選擇性雌激素受體降解劑(SERD)如 fulvestrant 通過誘導(dǎo)ER蛋白降解發(fā)揮作用。PROTAC技術(shù)有望提供更有效的ER降解策略。


  ARV-471即為靶向ER的VHL-recruiting PROTAC,在臨床試驗中展現(xiàn)出積極的療效數(shù)據(jù),支持其完成III期臨床并申報上市。


BTK

  BTK是B細(xì)胞受體信號通路中的關(guān)鍵激酶,在慢性淋巴細(xì)胞白血?。–LL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)等血液惡性腫瘤中發(fā)揮重要作用。BTK抑制劑已成為這些疾病的標(biāo)準(zhǔn)治療藥物之一。


  BTK-PROTAC的開發(fā)旨在克服現(xiàn)有BTK抑制劑的耐藥問題,并為無法耐受長期用藥的患者提供新的治療選擇。


產(chǎn)業(yè)鏈概況

上游環(huán)節(jié)

  MDK-7526及VHL-PROTAC的研發(fā)生產(chǎn)涉及多個上游產(chǎn)業(yè)環(huán)節(jié):


  原料藥及試劑:高純度的化學(xué)原料是合成的基礎(chǔ),包括各種氨基酸衍生物、雜環(huán)化合物、催化劑等。


  醫(yī)藥中間體:如(2S,4R)-4-羥脯氨酸衍生物、噻唑環(huán)中間體等。


  制藥設(shè)備:反應(yīng)釜、分離純化設(shè)備、分析檢測儀器等。


中游環(huán)節(jié)

  基礎(chǔ)科研機構(gòu):大學(xué)、研究醫(yī)院等開展PROTAC基礎(chǔ)研究,探索新靶點、新機制。


  創(chuàng)新藥研發(fā)生產(chǎn)商:如生物醫(yī)藥企業(yè)開發(fā)VHL-PROTAC候選藥物,推進(jìn)臨床研究。


  CXO服務(wù)(CRO/CDMO):提供藥物化學(xué)、藥理毒理、工藝開發(fā)等外包服務(wù)。瀚香生物作為化學(xué)定制合成服務(wù)商,可為PROTAC研發(fā)提供關(guān)鍵的VHL配體和中間體。


下游環(huán)節(jié)

  醫(yī)藥經(jīng)銷商:負(fù)責(zé)產(chǎn)品的分銷和物流。


  醫(yī)療機構(gòu):開展臨床試驗,進(jìn)行患者招募和治療。


  零售藥房:藥品上市后的患者供藥渠道。


常見問題FAQ

Q:MDK-7526與VH032有什么關(guān)系?

  MDK-7526是VH032的游離胺形式(VH032-NH2)。VH032分子中的N端帶有乙酰基保護(hù),而MDK-7526去除了這個保護(hù)基團(tuán),露出游離胺。這個設(shè)計使得MDK-7526能夠通過酰胺鍵與各種linker連接,形成PROTAC分子。兩者的VHL結(jié)合活性相近,KD值均在185 nM左右。


Q:MDK-7526的兩個CAS號有什么區(qū)別?

  MDK-7526存在兩種化學(xué)形態(tài),對應(yīng)兩個不同的CAS號:   鹽酸鹽形式:1448189-80-7,分子量467.02 g/mol,呈固體粉末狀,穩(wěn)定性好,便于儲存和運輸。   游離堿形式:1448297-52-6,分子量430.56 g/mol,是活性成分的游離狀態(tài)。兩者的藥理活性相同,選擇取決于下游應(yīng)用需求和配方考慮。


Q:MDK-7526在PROTAC設(shè)計中的作用是什么?

  MDK-7526作為VHL E3泛素連接酶配體,在PROTAC分子中負(fù)責(zé)"招募"E3連接酶。它的N端游離胺通過酰胺鍵與linker連接,linker另一端連接目標(biāo)蛋白配體。這樣,MDK-7526就使目標(biāo)蛋白與E3連接酶接近,促進(jìn)目標(biāo)蛋白的泛素化降解。據(jù)統(tǒng)計,87%的VHL-recruiting PROTAC選擇MDK-7526的這個位點作為出口向量。


Q:MDK-7526的溶解性和儲存條件是什么?

  游離堿形式的溶解性數(shù)據(jù)如下:DMSO中86 mg/mL(199.73 mM),乙醇中86 mg/mL,水中10 mg/mL(23.22 mM)。有機溶劑溶解度較高,適合用于PROTAC合成反應(yīng)。

  儲存條件方面,粉末狀態(tài)建議-20°C避光保存,有效期3年;溶液狀態(tài)建議-80°C保存,有效期2年。避光保存有助于維持化合物穩(wěn)定性。


Q:VHL-recruiting PROTAC與CRBN-recruiting PROTAC有何區(qū)別?

  兩類PROTAC的主要區(qū)別在于招募的E3泛素連接酶不同:

  VHL-recruiting PROTAC使用VHL(von Hippel-Lindau)蛋白作為E3連接酶配體,代表化合物如MDK-7526。VHL配體通常具有較高的選擇性,與其他靶點的交叉反應(yīng)較少。

  CRBN-recruiting PROTAC使用基于沙利度胺的CRBN配體,如pomalidomide、lenalidomide等。這類配體來源于免疫調(diào)節(jié)藥物,可能存在意外的靶點降解(off-target degradation)風(fēng)險。

  兩種策略各有優(yōu)勢,研究人員可根據(jù)具體靶點和研究目的選擇合適的E3連接酶配體。


參考文獻(xiàn)

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[2] Galdeano C, Gadd M S, Soares P, et al. Structure-guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the VHL E3 Ubiquitin Ligase and HIF1α[J]. Chemical Science, 2014, 5(11):4210-4217.

[3] Zengerle M, Chan K H, Ciulli A. Selective Small Molecule Induced Degradation of the BET Bromodomain Protein BRD4 by PROTACs[J]. ACS Chemical Biology, 2015, 10(8):1770-1777.

[4] Soares P, Gadd M S, Frost J, et al. Group-based Optimization of Potent and Cell-Active Inhibitors of the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase[J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 61(2):599-618.

[5] ACS Omega. Scalable Synthesis of VHL Ligand VH032-NH2 for PROTAC Applications[J]. ACS Omega, 2022, 7(31):26015-26021.

[6] Jin M, et al. WO2016118666A1[P]. 2016.


本文內(nèi)容基于公開發(fā)表的科學(xué)研究數(shù)據(jù),由瀚香生物收集整理,僅供科研人員參考與學(xué)術(shù)交流,不可用于個人用途。



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