芐索氯銨是一種新型的季銨鹽類抗菌劑，在日用化學(xué)品和化妝品行業(yè)有廣泛的應(yīng)用。此外，作為殺菌抗菌劑在醫(yī)藥衛(wèi)生領(lǐng)域也有重要的應(yīng)用，比如作為滴眼液的抑菌組分或者作為注射液的抑菌成分在西方國家一直有廣泛的應(yīng)用。在肝素鈉產(chǎn)品的生產(chǎn)中，芐索氯銨是必不可少的關(guān)鍵中間體。

可用作陽離子表面活性劑，用于洗衣粉檢測中陽離子，用于滴定磺酸陰離子，一般用量為4克/星期。低用量即能有效地殺滅各種微生物；具有殺菌和祛臭的作用，結(jié)晶體極易溶于水和其它溶劑，能配制粉狀或液狀的家庭或工業(yè)殺菌劑消毒劑。還能作為防腐劑或抗菌劑用于局部施用的獸醫(yī)和專賣藥品，按照使用指南應(yīng)用，對環(huán)境表面沒有腐蝕性。