藻紅蛋白具有性質(zhì)穩(wěn)定、熒光量子產(chǎn)率高、背景干擾小、易于同生物素、抗體和糖蛋白等大分子交聯(lián)等特點(diǎn)，作為熒光探針在細(xì)胞生物學(xué)、組織化學(xué)、分子生物學(xué)等方面可以代替同位素和酶作標(biāo)記物。

藻紅蛋白的吸收帶位于光譜的可見(jiàn)區(qū)域，從綠色延伸到遠(yuǎn)紅色波長(zhǎng)。吸收光譜在廣泛的潛在激發(fā)波長(zhǎng)范圍內(nèi)延伸，從而實(shí)現(xiàn)多功能性在激發(fā)源中產(chǎn)生大的斯托克斯位移，從而最大限度地減少瑞利散射光的干擾。

藻紅蛋白是一種紅色熒光多亞基蛋白，用于熒光偶聯(lián)。熒光色素標(biāo)記試劑具有高分辨率，因此有利于免疫分析，如活細(xì)胞染色、雙標(biāo)記技術(shù)和細(xì)胞分選程序。