首先，次氯酸鈉消毒滅菌最重要的作用方式是通過水解形成次氯酸，次氯酸進一步合成形成重生態(tài)氧[O]。重生態(tài)氧的極強氧化使細菌和病毒的蛋白質(zhì)變性，從而導(dǎo)致病原微生物死亡。根據(jù)化學(xué)測定，次氯酸鈉的水解會受到酸堿度的影響，當(dāng)酸堿度超過9.5時，將不利于次氯酸的產(chǎn)生。
      同時，次氯酸產(chǎn)生的氯離子也能顯著改變細菌和病毒的滲透壓，導(dǎo)致它們的細胞失去活性而死亡。影響次氯酸鈉消毒滅菌的因素酸堿度對次氯酸鈉消毒滅菌影響。酸堿度越高，次氯酸鈉在堿性環(huán)境中以次氯酸根的形式存在。消毒殺菌效果越弱，酸堿度越低，消毒殺菌效果越強。
       另一方面，ppm濃度的次氯酸鈉在水中可完全水解成次氯酸，其效率高于99.99%。其次，次氯酸不僅能在殺菌和殺滅病毒的過程中作用于細胞壁和病毒外殼，還能滲入細菌(病毒)體和細菌(病毒)體蛋白、核酸和酶，攻擊氧化反應(yīng)或破壞其磷酸脫氫酶，造成糖代謝失衡導(dǎo)致細胞死亡，從而殺滅病原微生物。
       濃度：在恒定的酸堿度、溫度和有機物條件下，有效氯濃度增加，殺菌效果增強。溫度：在一定范圍內(nèi)，溫度的升高會增強殺菌效果，濃度越低，效果越明顯。有機物：有機物會消耗有效氯，降低殺菌效率。水的硬度：水中的鈣和鎂等離子體對次氯酸鹽溶液的殺菌效果沒有影響。氨和氨基化合物：在含有氨和氨基化合物的水中，游離氯的殺菌效果大大降低。