趙軍鋒教授一直致力于從有機化學到化學生物學的研究，主要的研究方向是多肽與蛋白質的化學合成與修飾以及復雜多環(huán)分子的高效合成。期間，趙軍鋒教授發(fā)展了新的合成試劑，開拓了諸多合成方法，并在基礎有機研究和多肽類的合成中得到了廣泛的應用，所在課題組的研究成果也受到了許多網絡媒體的關注。

2021年 多肽合成創(chuàng)新獎（中國多肽產業(yè)聯(lián)盟） ; 2016年，趙軍鋒教授所在課題組在炔胺的氮上引入吸電子取代基合成了炔酰胺—Ynamides，相比于炔胺，Ynamides的熱、水穩(wěn)定性大大提高，同時由于引入了吸電子基團， Ynamides本身堿性降低。作者利用Ynamides作為縮合劑，在不加其它添加劑的條件下，成功合成了一系列無外消旋化的多肽化合物。Ynamides合成簡單，只需要兩步就能得到， 如下： ; 與現(xiàn)有的縮合劑相比，Ynamides作為縮合劑時，反應的產率明顯提高。最重要是，在作者討論的底物中沒有發(fā)現(xiàn)有消旋化的發(fā)生。 ; 此外，在文獻條件下，即使當氨基酸側鏈中含有-OH，-SH，-CONH2，NH時，反應也能選擇性地發(fā)生，因此不需要額外對側鏈進行保護。當使用Val與Aib這些位阻較大取代 氨基酸作為底物時，只需要延長反應時間，也能以高收率得到目標化合物，并且將反應放大至20 mmol時，對收率也沒有太大的影響。此外，該方法也可以應用于多肽片段之間的 縮合。綜上，Ynamides作為縮合劑具有極強的應用性。

多肽合成創(chuàng)新獎（中國多肽產業(yè)聯(lián)盟） ;多肽青年科學家獎及英國皇家化學會會士 ;江西省百千萬人才工程及萊佛士綠色制藥創(chuàng)新獎 ;“挑戰(zhàn)杯”創(chuàng)業(yè)計劃賽國家金獎第一指導教師、第四屆中國互聯(lián)網+大賽國家銀獎第一指導教師、人社部高層次留學人才回國資助計劃、第七屆中國僑界貢獻獎及?Thieme Chemistry Journals Award ;洪堡學者獎學金及Reaxys PhD Prize Finalist