背景[1-3]
細菌基因組DNA快速提取試劑盒(帶蛋白酶K)用于細菌基因組DNA的小量提取。其純化原理是利用細胞裂解液裂解細胞釋放基因組DNA，由硅膠膜柱可逆吸附基因組DNA，經(jīng)蛋白酶消化、漂洗液清洗除去蛋白質(zhì)、脂質(zhì)等雜質(zhì)后，用純化液洗脫獲得基因組DNA。本產(chǎn)品可從0.5-2 ml對數(shù)生長期的菌液（不超過106–108個）中提取到3-20μg超純基因組DNA（OD260/280=1.7-1.9），此基因組DNA可直接用于酶切、PCR等后續(xù)實驗。
細菌DNA瓊脂糖膠圖
操作方法
1取0.5-2 ml處于對數(shù)生長期菌液，置于1.5 ml離心管中。12,000 rpm離心1min，棄上清。
2向收集到的菌體沉淀中加入200μl緩沖液DS，用漩渦振蕩器劇烈振蕩直至菌體徹底懸浮。
3加入20μl蛋白酶K溶液，混勻。
4加入220μl裂解液MS，漩渦振蕩混勻，直至形成均一的懸浮液。65℃溫浴10min。溶液應(yīng)變清亮，簡短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠。
5加入220μl無水乙醇，上下顛倒混勻。此時可能出現(xiàn)絮狀沉淀，將溶液及絮狀沉淀轉(zhuǎn)移到純化柱中。12,000 rpm離心1min，棄濾液。
6加入500μl去蛋白液PS。12,000 rpm離心1min，棄濾液。
7加入500μl漂洗液PE。12,000 rpm離心1min，棄濾液。
8加入500μl漂洗液PE。12,000 rpm離心1min，棄濾液。
9 12,000 rpm離心3min，以徹底去除純化柱中殘留的液體。
10將純化柱置于新的1.5 ml離心管中。向純化柱中央處，懸空加入30-100μl洗脫液TE。室溫放置2min。于12,000 rpm離心2min，管底即為高純度基因組DNA。-20℃保存。
應(yīng)用[4][5]
用于金磁微粒純化細菌基因組DNA方法的研究
磁性復(fù)合粒子特有的超順磁性使其在外加磁場中反復(fù)操作而不聚集,較大的比表面積又保證了生物分子在其表面的固定化容量,與傳統(tǒng)的液相和離心柱式固相純化核酸純化方法相比,基于磁性復(fù)合微粒的核酸純化法具有更多的優(yōu)勢,如純化過程簡便快速、無需離心操作、不涉及有毒污染試劑,可適于大規(guī)模自動化工作站使用等,將成為未來核酸純化的主導(dǎo)發(fā)展方向。
以金磁微粒（GoldMag（R）particles）為載體,對細菌基因組DNA的純化方法進行了探討。采用簡單的氯化鈉／乙醇結(jié)合體系,建立了從革蘭氏陰性菌中純化基因組DNA的方法。
分別以大腸桿菌和銅綠假單胞菌為樣本,對純化方法進行評價；并將該法與商品化試劑盒進行比較,純化得到的基因組DNA可成功用于PCR擴增等下游應(yīng)用。
實驗結(jié)果表明：該方法可從500μl大腸桿菌培養(yǎng)液（OD600=3.0）中純化得到約20μg的基因組DNA,產(chǎn)率約是商品化試劑盒TIANamp Bacteria DNA Kit的3倍,其OD260/OD280比值在1.7-1.9之間,能夠滿足下游PCR反應(yīng)的要求。
以DNA產(chǎn)率為指標,純化大腸桿菌基因組DNA的平均批內(nèi)差為3.98%、批間差為8.41%,純化銅綠假單胞菌基因組DNA的平均批內(nèi)差為7.32%、批間差為10.67%。方法具有較好的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
以枯草芽孢桿菌為樣本,初步探索了從革蘭氏陽性菌中純化基因組DNA的方法,對溶菌酶用量、RNase用量和樣本處理方式進行了優(yōu)化,結(jié)果表明：方法可從500μl枯草芽孢桿菌培養(yǎng)液（OD600=3.0）中純化得到2-4μg的基因組DNA,其OD260/OD280比值在1.7-1.9之間,并能滿足下游PCR實驗擴增要求。
參考文獻
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[3]Specific magnetic bead-based capture of free fetal DNA from maternal plasma[J].Transfusion and Apheresis Science.2009(3)
[4]Bacteria capture,lysate clearance,and plasmid DNA extraction using pH-sensitive multifunctional magnetic nanoparticles[J].Zhi Shan,Qi Wu,Xianxiang Wang,Zhongwu Zhou,Ken D.Oakes,Xu Zhang,Qianming Huang,Wanshen Yang.Analytical Biochemistry.2009(1)
[5]張景閣.金磁微粒純化細菌基因組DNA方法的研究[D].西北大學(xué),2011.