宏基因組shotgun方法測(cè)序，是對(duì)特定環(huán)境樣品中的微生物群體基因組（尤其是那些種類眾多的難于培養(yǎng)的微生物），進(jìn)行序列測(cè)定和功能基因的發(fā)掘，來(lái)分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因組shotgun方法測(cè)序包括MetaPhlAn：群落組成分析；PICRUSt：基因組功能預(yù)測(cè)；PhyloPhlAn：構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹；GraPhlAn：可視化分類和系統(tǒng)發(fā)育信息。