大鼠Ⅱ型肺泡上皮細胞的標志物可分為核心特異性標志物、功能相關(guān)標志物和通用上皮類標志物三類，不同標志物的特異性和應(yīng)用場景各有區(qū)別：
一、核心特異性標志物
?pro-SP-C/SP-C（肺表面活性蛋白C）?：是目前公認的大鼠Ⅱ型肺泡細胞最具特異性的標志物，僅在該類細胞的胞質(zhì)中表達，是鑒定該細胞的金標準指標。
?RTⅡ-70?：大鼠Ⅱ型肺泡細胞特有的表面抗原，可通過免疫磁珠分選直接富集目標細胞，是大鼠物種專屬的高特異性標記物。
?KL-6?：大鼠Ⅱ型肺泡細胞表面特異性表達的黏蛋白類抗原，常通過ELISA方法檢測，可用于評估該類細胞的損傷程度。
二、功能相關(guān)標志物
?SP-A、SP-B、SP-D?：屬于肺表面活性物質(zhì)相關(guān)蛋白，由Ⅱ型肺泡細胞合成分泌，可輔助驗證細胞的功能完整性。
?堿性磷酸酶（AKP）?：該類細胞可表達該酶活性，通過BCIP/NBT顯色可觀察到胞質(zhì)內(nèi)藍色陽性顆粒，是經(jīng)典的組織化學(xué)鑒定指標。
?NKX2.1（甲狀腺轉(zhuǎn)錄因子1）?：在大鼠遠端肺上皮的Ⅱ型肺泡細胞中高表達，是參與細胞功能調(diào)控的核定位標志物。
三、通用上皮類標志物
這類標志物并非Ⅱ型肺泡細胞獨有，但可輔助排除其他類型細胞的污染：
?廣譜角蛋白（PCK）、CK7、CK18、CK19?：上皮細胞特異性骨架蛋白，陽性表達可確認細胞的上皮屬性，排除成纖維細胞等間質(zhì)細胞污染。
該類細胞通常不表達Ⅰ型肺泡細胞的標志性標志物水通道蛋白5（AQP5），可通過該指標的陰性表達進一步區(qū)分兩種肺泡上皮亞型。