藻藍(lán)蛋白的應(yīng)用研究很廣泛，可歸納以下幾方面：

(1)天然食用色素：藻藍(lán)蛋白是水溶性色素，無毒，純藍(lán)，清亮可愛，可作為食品著色劑、化妝品的添加劑。

(2)醫(yī)藥保健食品：藻藍(lán)蛋白離體實驗具有刺激紅細(xì)胞集落生成，類似紅細(xì)胞生成素(EPO)的作用。國外已成功的研制出多種藻藍(lán)蛋白復(fù)合藥品，日本康派艾滋病研究所已有藻藍(lán)蛋白能改善貧血、提高血色素的成功報導(dǎo)。在1982年 Iijima 等曾研究小鼠口服藻藍(lán)蛋白提高注射肝腫瘤細(xì)胞小鼠的成活率，且實驗組小鼠淋巴細(xì)胞活性明顯比對照高，他們認(rèn)為該蛋白有促進(jìn)免疫和抗疾病功能。1986年美國哈佛醫(yī)院 Schwartz和Shklar發(fā)現(xiàn)螺旋藻藻藍(lán)蛋白對一些癌細(xì)胞有抑制作用。

(3)生物學(xué)、化學(xué)和細(xì)胞學(xué)實驗的特殊試劑：藻藍(lán)蛋白藍(lán)色并有熒光，可作為生物學(xué)、細(xì)胞學(xué)一些光動力學(xué)的研究試劑。