Cy5 (Cyanine 5) 是一種發(fā)遠(yuǎn)紅(far-red)熒光的花青素?zé)晒馊玖?。它的消光系?shù)很高，熒光很亮，并且對pH不敏感，一般可以用633 nm或647 nm的激光束激發(fā)然后用 Cy5或APC濾片觀察，所以在絕大部分熒光儀器上都可以使用。Cy5熒光落在遠(yuǎn)紅光區(qū)，使用Cy5或者其它遠(yuǎn)紅光染料的一個(gè)重要優(yōu)勢是在這個(gè)長波長光譜范圍內(nèi)樣品背景熒光較低，而在這個(gè)區(qū)域CCD相機(jī)/檢測器檢測靈敏度最高。Cy5可以用來標(biāo)記蛋白，抗體，多肽，納米粒等，它最用于是標(biāo)記核酸分子（DNA和RNA）。

NHS活化酯（N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE））是生物標(biāo)記反應(yīng)中最常用的活化基團(tuán)。它活化Cy5分子中的羧基，讓它可以和目標(biāo)生物分子上的胺基（主要伯胺）反應(yīng)生成穩(wěn)定的酰胺鍵，從而把Cy5分子標(biāo)記到生物大分子上。由于游離胺基是蛋白，抗體，多肽表面的常見官能團(tuán)（來自于賴胺酸側(cè)鏈），Cy5-NHS可以和它們直接反應(yīng)。核酸分子中天然不帶游離胺基，只有胺基修飾過的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反應(yīng)。