磺化Cy3是Cy3(Cyanine 3)的水溶型。它的光譜性質和Cy3類似，在熒光顯微鏡下發(fā)橘黃色熒光。它的熒光很亮，并且對pH不敏感，一般可以用530nm-561nm的激光束激發(fā)然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的濾片觀察，所以在絕大部分熒光儀器上都可以使用。標記后，樣品背景熒光一般認為比TAMRA等系列的染料低。 磺化Cy3可以用來標記蛋白，抗體，多肽，核酸等各種生物分子。

NHS活化酯（N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE））是生物標記反應中最常用的活化基團。它活化Cy3分子中的羧基，讓它可以和目標生物分子上的胺基（主要伯胺）反應生成穩(wěn)定的酰胺鍵，從而把Cy3分子標記到生物大分子上。由于游離胺基是蛋白，抗體，多肽表面的常見官能團（來自于賴胺酸側鏈），Cy3-NHS可以和它們直接反應。核酸分子中天然不帶游離胺基，只有胺基修飾過的RNA或者DNA才可以和Cy3-NHS反應。

磺化Cy3-NHS活化酯的水溶性極高，所以在標記反應中不需要使用有機共溶劑，特別適合標記蛋白等對有機溶劑敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性極好，并且染料分子本身帶電荷，標記到蛋白表面后不會引發(fā)疏水性蛋白聚集，提高熒光標記產(chǎn)物的穩(wěn)定性?；腔疌y3-NHS也溶于甲醇，DMSO，DMF等有機溶劑，標記反應也可以在純有機溶劑中進行

磺化Cy3-NHS標記后的產(chǎn)物Ex/Em是550/566nm。和它具有相似熒光特性的染料包括TAMRA，Alexa Fluor 555，DyLight 550，BODIPY? TMR-X等