Cy3 (Cyanine 3) 是一種發(fā)橘黃色熒光的花青素熒光染料。它的熒光很亮，對pH不敏感，并且處在肉眼較敏感的可見光區(qū)，在絕大多數(shù)熒光儀器上都可使用。Cy3可以用來標記蛋白，抗體，多肽，核酸分子等。

NHS活化酯（N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE））是生物標記反應中最常用的活化基團。它活化Cy3分子中的羧基，讓它可以和目標生物分子上的胺基（主要伯胺）反應生成穩(wěn)定的酰胺鍵，從而把Cy3分子標記到生物大分子上。由于游離胺基是蛋白，抗體，多肽表面的常見官能團（來自于賴胺酸側(cè)鏈），Cy3-NHS可以和它們直接反應。核酸分子中天然不帶游離胺基，只有胺基修飾過的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反應。

Cy3-NHS活化酯的水溶性較低，所以在水相的標記反應體系內(nèi)需要使用有機共溶劑，常用有機溶劑包括DMF，DMSO和乙腈等。如需標記的分子對有機溶劑敏感，可選擇磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3-NHS活化酯。兩者的光譜性質(zhì)幾乎一致，因此大部分應用可相互替換。兩者的主要區(qū)別在于：磺化染料是水溶性的，在水相的標記反應體系內(nèi)不需要使用有機共溶劑，并且降低染料在水中聚集的可能性，增強標記效率。