背景[1-3]
NHP2核糖核蛋白抗體是可以特異性結(jié)合NHP2核糖核蛋白的一類多克隆抗體，主要用于體外檢測NHP2核糖核蛋白的免疫學(xué)實驗。
NHP2核糖核蛋白抗體是一組自身抗體，也屬于抗核抗體?？梢娪?5%～45%的系統(tǒng)性紅斑狼瘡病人和95%～100%的混合性結(jié)締組織病病人，混合性結(jié)締組織病是既有肌炎又有紅斑狼瘡和硬皮病特點的一類疾病?？筊NP抗體在其他自身免疫病檢出率不高。其檢測方法包括免疫印跡法和間接免疫熒光法以及酶聯(lián)免疫吸附試驗。它作為一種標(biāo)記性抗體，在診斷和鑒別診斷紅斑狼瘡與混合性結(jié)締組織病上有重要意義，但是與疾病的活動和穩(wěn)定無關(guān)。
NHP2核糖核蛋白免疫組化圖
核糖核蛋白：指包含有RNA的核蛋白，即將核酸和蛋白質(zhì)結(jié)合在一起的一種形式。核糖核蛋白包括核糖體、端粒酶以及小核。
核糖體蛋白是蛋白質(zhì)。真核細(xì)胞細(xì)胞核的蛋白質(zhì)很多，比如染色體上的蛋白質(zhì)。而核糖核蛋白體是核糖體的舊時稱呼，在細(xì)胞質(zhì)中，核糖體蛋白與rRNA結(jié)合成核糖體，起到翻譯mRNA的作用。復(fù)合體可以使蛋白質(zhì)，有很多蛋白質(zhì)復(fù)合體。但是復(fù)合體不全是蛋白質(zhì)。
應(yīng)用[4][5]
用于石榴皮對非酒精性脂肪肝病的基因表達(dá)調(diào)控數(shù)據(jù)分析研究
首先從NCBI中的GEO數(shù)據(jù)庫中下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE66316。利用QlucoreOmics Explorer3.0（QOE3.0）軟件分析篩選“高脂飲食和石榴皮飼養(yǎng)8周”和“高脂飲食飼養(yǎng)8周”基因芯片數(shù)據(jù)中的差異表達(dá)基因。
然后,應(yīng)用Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery（DAVID）對QOE 3.0篩選出來的差異表達(dá)基因進(jìn)行基因功能富集分析。
最后,利用Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins（STRING）在線分析軟件,建立基因編碼蛋白關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖。
通過分析,最終確定石榴皮對NAFLD的基因表達(dá)調(diào)控主要集中在一系列差異表達(dá)基因;再進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘分析,發(fā)現(xiàn)石榴皮可能通過對幾個關(guān)鍵差異表達(dá)基因影響調(diào)節(jié)NAFLD的發(fā)生發(fā)展。QOE 3.0軟件分析篩選出172個差異表達(dá)基因。
其中高表達(dá)基因118個,包括AAGAB、CAD、EXOC1、RPL10、TFB2M、RPS7、NHP2、TRUB1等;低表達(dá)基因54個,包括ISG15、OASL、NR3C1、AZGP1、BIRC5、RGMA等。DAVID分析發(fā)現(xiàn)這172個差異表達(dá)基因主要涉及RNA結(jié)合、修飾與加工,核糖體及其復(fù)合物的生物合成,蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)運和定位,翻譯,一碳單位代謝,甲基化,GTPase的結(jié)合與活性結(jié)合,鈣離子結(jié)合,多糖結(jié)合,核苷三磷酸酶活性調(diào)節(jié),轉(zhuǎn)錄輔激活因子的活性,轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合,核糖核蛋白復(fù)合體,線粒體,脂蛋白生物功能等生物過程、分子功能和細(xì)胞組分。
將172個差異基因?qū)隨TRING中,最終篩選出13個差異表達(dá)基因。對這13個基因進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘和分析顯示:石榴皮對NAFLD的治療作用可能是通過上調(diào)LPL、CARM1、C1QBP、TFB2M等基因的表達(dá),促進(jìn)甘油三酯水解,減少其在肝臟中的蓄積;增強(qiáng)肝細(xì)胞的抗氧化應(yīng)激能力以及維持線粒體功能的穩(wěn)定,進(jìn)而維持肝細(xì)胞的正常生物代謝;同時,還可能下調(diào)NR3C1基因的表達(dá),降低血液中游離脂肪酸的濃度,緩解胰島素抵抗,從而達(dá)到治療NAFLD的功效。
而NHP2、RPL10、RPS7、CAD、PCK2、ISG15、OASL、TRUB1基因與NAFLD的關(guān)系尚未明確。
參考文獻(xiàn)
[1]Liver Enzyme Levels and Hepatic Iron Content in Fatty Liver[J].Amir Reza Radmard,Hossein Poustchi,Mehrdad Dadgostar,Ali Yoonessi,Soheil Kooraki,Elham Jafari,Amir Pejman Hashemi Taheri,Reza Malekzadeh,Shahin Merat.Academic Radiology.2015(6)
[2]Glutathione and Thioredoxin Antioxidant Pathways Synergize to Drive Cancer Initiation and Progression[J].Isaac S.Harris,Aislinn E.Treloar,Satoshi Inoue,Masato Sasaki,Chiara Gorrini,Kim Chung Lee,Ka Yi Yung,Dirk Brenner,Christiane B.Knobbe-Thomsen,Maureen A.Cox,Andrew Elia,Thorsten Berger,David W.Cescon,Adewunmi Adeoye,Anne Brüstle,Sam D.Molyneux,Jacqueline M.Mason,Wanda Y.Li,Kazuo Yamamoto,Andrew Wakeham,Hal K.Berman,Rama Khokha,Susan J.Done,Terrance J.Kavanagh,Ching-Wan Lam,Tak W.Mak.Cancer Cell.2015(2)
[3]The Adiponectin‐SIRT 1‐AMPK Pathway in Alcoholic Fatty Liver Disease in the Rat[J].ZhiAn Jiang,JunYing Zhou,DongFang Zhou,ZhanTao Zhu,LiNa Sun,Amin A.Nanji.Alcohol Clin Exp Res.2015(3)
[4]Correlation of Gene Expression with Bladder Capacity in Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome[J].Marc Colaco,David S.Koslov,Tristan Keys,Robert J.Evans,Gopal H.Badlani,Karl-Erik Andersson,Stephen J.Walker.The Journal of Urology.2014
[5]林獻(xiàn)威.石榴皮對非酒精性脂肪肝病的基因表達(dá)調(diào)控數(shù)據(jù)分析[D].南方醫(yī)科大學(xué),2017.