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上海瀚香生物科技有限公司

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Fexaramine:腸道限制性FXR化學(xué)探針,結(jié)構(gòu)特征與信號通路研究全解析
發(fā)布日期:2026/7/15 14:28:49發(fā)布人:上海瀚香生物科技有限公司閱讀量:8

如果你在做核受體相關(guān)研究,大概率接觸過FXR(法尼醇X受體)這個(gè)靶點(diǎn)。FXR是膽汁酸的"傳感器",調(diào)控著膽汁酸合成、轉(zhuǎn)運(yùn)和脂質(zhì)代謝的基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。但全身性FXR激動(dòng)劑在體外實(shí)驗(yàn)中給出的結(jié)果常常自相矛盾——同樣的受體,在不同細(xì)胞系中有時(shí)激活靶基因,有時(shí)反而干擾信號讀取。Fexaramine(CAS: 574013-66-4)提供了一個(gè)不同的切入點(diǎn):它只激活腸道細(xì)胞中的FXR,不碰肝臟,卻意外地撬動(dòng)了跨組織信號級聯(lián)。這個(gè)"不進(jìn)門的鑰匙"效應(yīng),正在改變研究者對FXR信號通路分工的理解方式。瀚香生物(BiochemPartner)現(xiàn)貨供應(yīng)該化合物(貨號 BCP15784,純度≥98%,隨附NMR+LC-MS+HPLC三譜),為核受體研究提供工具分子支撐。

一、分子定義與發(fā)現(xiàn)歷程

Fexaramine是一種非膽汁酸結(jié)構(gòu)的合成FXR激動(dòng)劑,EC??=25 nM,親和力比天然配體(如鵝脫氧膽酸CDCA)高出約100倍??诜髱缀醪贿M(jìn)入門靜脈循環(huán),只在腸道局部激活FXR,這是它和GW4064、奧貝膽酸(OCA)等全身性FXR激動(dòng)劑的根本差異。

這個(gè)化合物的發(fā)現(xiàn)可以追溯到2003年。Downes團(tuán)隊(duì)對苯并吡喃組合化學(xué)文庫進(jìn)行高通量篩選,找到了一系列先導(dǎo)化合物,經(jīng)過系統(tǒng)優(yōu)化后得到Fexaramine,同時(shí)還有兩個(gè)活性接近的類似物Fexarine(EC??=36 nM)和Fexarene(EC??=36 nM)[1]。有意思的是,這些衍生物都不激活也不結(jié)合RXR——在當(dāng)時(shí)已知的FXR激動(dòng)劑里,這個(gè)選擇性相當(dāng)少見。

同年,Downes團(tuán)隊(duì)解析了1.78 ?分辨率的FXR-Fexaramine共晶結(jié)構(gòu)(PDB: 1OSH),分子被包裹在726 ?3的疏水空腔中,與His298、Ser336形成關(guān)鍵氫鍵[1]。這個(gè)晶體結(jié)構(gòu)后來成了FXR配體設(shè)計(jì)的標(biāo)準(zhǔn)參考模板,也被用于后續(xù)多種FXR配體的分子對接研究。

Fexaramine的腸道限制性并非最初設(shè)計(jì)目標(biāo),而是一個(gè)"意外發(fā)現(xiàn)"。后續(xù)有研究團(tuán)隊(duì)基于Fexaramine骨架設(shè)計(jì)了Fex-3等改進(jìn)衍生物,進(jìn)一步優(yōu)化腸道選擇性和結(jié)合效率。MET409是另一個(gè)進(jìn)入早期評估階段的Fexaramine衍生物,結(jié)構(gòu)未公開,但從公開信息推斷保留了對腸道FXR的偏好性。

Fexaramine化學(xué)結(jié)構(gòu)式

二、結(jié)構(gòu)生物學(xué)特征與結(jié)合模式

這里有一個(gè)反直覺的點(diǎn):Fexaramine激活FXR的方式和膽汁酸完全不同。膽汁酸通過A環(huán)羥基與Y361、H447形成氫鍵網(wǎng)絡(luò),間接穩(wěn)定Helix 12來激活受體;而Fexaramine直接占據(jù)Helix 3-11-12之間的亞口袋,不依賴H447的極性接觸就完成了受體激活[2]。這意味著,哪怕在同一個(gè)反應(yīng)體系中同時(shí)加入膽汁酸和Fexaramine,它們在FXR上不會(huì)"搶座位"——結(jié)合位點(diǎn)部分重疊但激活路徑不同。

這一結(jié)構(gòu)生物學(xué)特征為實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供了重要參考:

結(jié)構(gòu)特征

Fexaramine

膽汁酸(CDCA)

GW4064

結(jié)合口袋位置

Helix 3-11-12 亞口袋

A環(huán)區(qū)域

配體結(jié)合域中心

關(guān)鍵氫鍵殘基

His298, Ser336

Y361, H447

H447, W454

Helix 12 穩(wěn)定方式

直接占據(jù)亞口袋

間接穩(wěn)定

直接穩(wěn)定

RXR 交叉激活

高濃度下有

EC??(FXR)

25 nM

~5 μM

100 nM

對于需要在FXR和RXR雙信號之間做交叉驗(yàn)證的實(shí)驗(yàn)體系,F(xiàn)exaramine的RXR"干凈度"是一個(gè)顯著優(yōu)勢——它不會(huì)引入RXR背景信號干擾。

三、腸道限制性的物化基礎(chǔ)

Fexaramine的LogP高達(dá)6.72,脂溶性很強(qiáng),但分子中缺少能被腸道轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白識別的結(jié)構(gòu)特征??诜蠼^大部分化合物停留在腸腔和腸黏膜,進(jìn)入門靜脈的量極低。這個(gè)"腸道限制性"不是絕對零吸收,而是全身暴露量不足以激活肝臟FXR靶基因[3]。

這個(gè)物化特征決定了Fexaramine的實(shí)驗(yàn)定位:如果研究目標(biāo)是肝臟FXR直接激活,F(xiàn)exaramine不是首選;如果關(guān)注腸道-外周組織信號軸,其組織限制性是關(guān)鍵優(yōu)勢。

對于體外實(shí)驗(yàn),研究者更關(guān)注的是Fexaramine在細(xì)胞水平的結(jié)合效率與靶基因激活譜。以下數(shù)據(jù)可作為濃度設(shè)計(jì)的參考起點(diǎn):

  • FRET共激活因子招募實(shí)驗(yàn):Fexaramine誘導(dǎo)SRC-1肽段招募到FXR配體結(jié)合域,EC??=255 nM,與GW4064(EC??=100 nM)處于同一量級[1]

  • 瞬時(shí)轉(zhuǎn)染報(bào)告基因:CV-1細(xì)胞中,1 μM Fexaramine使FXR反應(yīng)元件(ECRE)報(bào)告基因活性提高100倍,ER-8元件提高4倍[1]

  • 生理啟動(dòng)子激活:1 μM濃度下,人回腸膽汁酸結(jié)合蛋白(I-BABP)啟動(dòng)子活性提高28倍,磷脂轉(zhuǎn)移蛋白(PLTP)和MRP-2啟動(dòng)子提高2-3倍[1]

  • HuTu-80細(xì)胞:50 μM Fexaramine處理24小時(shí),SHP(小異二聚體伴侶)表達(dá)升高2.1倍,內(nèi)源性蛋白水平下降33%[1]

  • HT29-FXRFL細(xì)胞:1 nM至10 μM范圍內(nèi)濃度依賴性誘導(dǎo)I-BABP基因表達(dá),無FXR的對照細(xì)胞無此效應(yīng)[1]

體外和體內(nèi)的有效濃度差了好幾個(gè)數(shù)量級——體外用μM級,這是因?yàn)槟c道限制性分布決定了只有局部給藥才能實(shí)現(xiàn)腸道組織高濃度。在細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中,F(xiàn)exaramine的激活閾值低至1 nM即有可檢測信號,這為低濃度梯度設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)提供了便利。

四、三條信號軸的分子機(jī)制

Fexaramine的信號傳導(dǎo)主要通過三條分子通路實(shí)現(xiàn),這三條通路構(gòu)成了"腸道局部激活→跨組織信號級聯(lián)"的研究框架:

FGF15/19信號軸

腸道FXR激活后誘導(dǎo)腸細(xì)胞分泌FGF15(小鼠)或FGF19(人),經(jīng)血液循環(huán)到達(dá)肝臟,結(jié)合FGFR4受體,下調(diào)膽汁酸合成限速酶CYP7A1,負(fù)反饋縮小膽汁酸池[3][4]。這條通路模擬了正常進(jìn)食后膽囊釋放膽汁酸激活腸道FXR的生理過程。在細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中,F(xiàn)GF15/19的分泌量可作為腸道FXR激活程度的讀出指標(biāo)。

TGR5/GLP-1信號軸

Fexaramine改變了腸道菌群組成,促進(jìn)了產(chǎn)次級膽汁酸(如石膽酸LCA)的細(xì)菌(Acetatifactor和Bacteroides)增殖。LCA激活L細(xì)胞表面的TGR5受體,刺激GLP-1分泌[5]??股靥幚頃?huì)完全逆轉(zhuǎn)Fexaramine的下游信號——腸道菌群是這個(gè)機(jī)制的必要條件。這一發(fā)現(xiàn)為"菌群-膽汁酸-TGR5"級聯(lián)研究提供了化學(xué)探針工具,但在不同SPF級動(dòng)物設(shè)施中,菌群譜系差異可能導(dǎo)致信號讀出不一致。

脂肪組織UCP1表達(dá)調(diào)控軸

FGF15/19作用于白色脂肪組織,上調(diào)β3-腎上腺素能受體和UCP1表達(dá),誘導(dǎo)白色脂肪細(xì)胞出現(xiàn)棕色脂肪樣特征("米色化")。在細(xì)胞共培養(yǎng)體系中,F(xiàn)GF19處理可顯著上調(diào)脂肪細(xì)胞UCP1 mRNA水平,這一體外效應(yīng)可在不依賴整體動(dòng)物模型的情況下驗(yàn)證[3]。

五、FXR激動(dòng)劑工具化合物對比

不同F(xiàn)XR工具化合物在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中各有定位,以下對比表可供課題選型參考:

工具化合物

CAS號

EC??

組織選擇性

RXR交叉

典型應(yīng)用場景

Fexaramine

574013-66-4

25 nM

腸道限制性

腸-肝軸信號研究、FGF15/19通路驗(yàn)證

GW4064

278779-30-9

100 nM

全身性

高濃度下有

肝臟FXR直接激活、膽汁酸代謝基因調(diào)控

OCA(奧貝膽酸)

64440-78-2

~500 nM

全身性

FXR臨床候選物參照、膽汁酸結(jié)構(gòu)類似物

CDCA(鵝脫氧膽酸)

512-54-5

~5 μM

全身性

天然配體參照、內(nèi)源性FXR激活基準(zhǔn)

Tropifexor (LJN452)

1383816-15-2

0.2 nM

全身性

高效非甾體FXR激動(dòng)劑、結(jié)構(gòu)優(yōu)化參照

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)建議:先用GW4064確認(rèn)FXR通路參與,再用Fexaramine區(qū)分腸道特異性貢獻(xiàn)——兩者的組合使用可以拆分肝臟FXR與腸道FXR的獨(dú)立效應(yīng)。

六、科研應(yīng)用場景

Fexaramine是開發(fā)一系列治療肝臟疾病FXR激動(dòng)劑的起點(diǎn),其衍生物46和47對FXR顯示出良好的結(jié)合親和力

實(shí)驗(yàn)場景

推薦細(xì)胞系/體系

Fexaramine建議濃度

關(guān)鍵讀出指標(biāo)

FXR靶基因激活驗(yàn)證

HuTu-80, HT29-FXRFL

1-10 μM

I-BABP, SHP mRNA表達(dá)

FGF15/19分泌檢測

原代回腸類器官

5-10 μM

培養(yǎng)上清FGF15/19 ELISA

FXR報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)

CV-1 (瞬時(shí)轉(zhuǎn)染)

0.1-1 μM

熒光素酶活性倍數(shù)變化

腸道菌群-膽汁酸代謝

SPF級小鼠腸內(nèi)容物

體外共培養(yǎng)體系

次級膽汁酸LC-MS定量

脂肪細(xì)胞UCP1調(diào)控

3T3-L1 + FGF19共培養(yǎng)

FGF19 10-50 nM

UCP1 mRNA, 氧耗率

FXR選擇性篩選

HEK293-FXR + RXR共轉(zhuǎn)

0.01-10 μM梯度

RXR報(bào)告基因背景信號

七、常見實(shí)驗(yàn)問題

Q:Fexaramine和GW4064怎么選?

如果研究目標(biāo)是全身性FXR激活(比如肝臟膽汁酸代謝基因調(diào)控),GW4064更合適;如果關(guān)注腸道-外周組織信號軸,F(xiàn)exaramine的組織限制性是關(guān)鍵優(yōu)勢。兩者EC??差約3.6倍,F(xiàn)exaramine更高效,但GW4064已有更多文獻(xiàn)數(shù)據(jù)積累。一個(gè)實(shí)用的思路:先用GW4064確認(rèn)FXR通路參與,再用Fexaramine區(qū)分腸道特異性貢獻(xiàn)。

Q:Fexaramine的下游信號需要腸道菌群參與嗎?

需要。Pathak等人的實(shí)驗(yàn)證明,抗生素清除腸道菌群后,F(xiàn)exaramine無法增加TLCA(?;鞘懰幔┧?,GLP-1分泌不升高,TGR5通路信號消失[5]。菌群是Fexaramine下游TGR5通路的關(guān)鍵中介。如果實(shí)驗(yàn)體系使用了抗生素處理或無菌條件,預(yù)期Fexaramine不會(huì)產(chǎn)生TGR5/GLP-1軸信號。

Q:Fexaramine在體外實(shí)驗(yàn)中的溶解和處理建議?

Fexaramine水溶性差,建議用DMSO配制儲(chǔ)備液(10-50 mM),分裝后-80°C保存,避免反復(fù)凍融導(dǎo)致溶解度下降。體外實(shí)驗(yàn)從低濃度開始(1-10 nM),F(xiàn)XR激活在1 nM即有可檢測信號。對于需要口服給藥的體內(nèi)實(shí)驗(yàn)體系,CMC-Na配制混懸液是文獻(xiàn)中的常用方案,但所有體內(nèi)數(shù)據(jù)需結(jié)合具體動(dòng)物模型和設(shè)施條件進(jìn)行評估。

八、瀚香生物的差異化供應(yīng)優(yōu)勢

在FXR信號通路工具分子的供應(yīng)方面,瀚香生物(BiochemPartner)具備以下差異化能力:

質(zhì)檢透明度:每批次Fexaramine均隨附完整的1H NMR、LC-MS和HPLC三譜數(shù)據(jù)。多數(shù)供應(yīng)商的質(zhì)檢報(bào)告停留在COA層面,而瀚香的三譜隨附制度提供了可追溯的結(jié)構(gòu)確認(rèn)和純度驗(yàn)證保障——這對核受體配體實(shí)驗(yàn)尤為關(guān)鍵,因?yàn)槲⒘侩s質(zhì)可能產(chǎn)生非特異性信號干擾。

供應(yīng)規(guī)格連續(xù)性:從早期篩選階段的毫克級測試(5 mg/25 mg),到先導(dǎo)驗(yàn)證所需的百毫克級(100 mg),再到公斤級放大——多數(shù)平臺在中間某個(gè)環(huán)節(jié)就會(huì)斷檔,而瀚香的一站式供應(yīng)恰好解決了從篩選到放大的斷層問題。

FXR通路工具分子全布局:除Fexaramine外,瀚香同時(shí)供應(yīng)GW4064、CDCA、Tropifexor等FXR通路關(guān)鍵工具化合物,以及TGR5激動(dòng)劑、FGF19重組蛋白等下游通路驗(yàn)證試劑。同一通路的全鏈條覆蓋減少了課題在不同供應(yīng)商之間切換帶來的批次差異風(fēng)險(xiǎn)。

定制合成響應(yīng):對于需要Fexaramine結(jié)構(gòu)類似物(如Fex-3、MET409衍生物)或未見列于目錄的FXR變構(gòu)調(diào)控分子的課題組,瀚香的博士研發(fā)團(tuán)隊(duì)可承接從毫克到公斤級的定制合成,在雜環(huán)修飾和手性合成方面有技術(shù)積累。

九、推薦產(chǎn)品速查

項(xiàng)目

詳情

產(chǎn)品名稱

Fexaramine

CAS 號

574013-66-4

BPC 貨號

BCP15784

純度

≥98%(HPLC)

溶解度

DMSO: ≥10 mg/mL; H?O: <0.1 mg/mL

儲(chǔ)存條件

-20°C, 避光, 干燥

圖譜隨附

1H NMR + LC-MS + HPLC

供應(yīng)規(guī)格

5mg / 25mg / 100mg(現(xiàn)貨)/ 定制放大

參考文獻(xiàn)

[1] Downes M, Verdecia MA, Roecker AJ, et al. A chemical, genetic, and structural analysis of the nuclear bile acid receptor FXR. Mol Cell. 2003, 11(4): 1079-1092. DOI: 10.1016/S1097-2765(03)00092-0

[2] Soisson SM, Parthasarathy G, Adams A, et al. Identification of a potent synthetic FXR agonist with an unexpected mode of binding and activation. Proc Natl Acad Sci USA. 2008, 105(14): 5337-5342. DOI: 10.1073/pnas.0800148105

[3] Fang S, Suh JM, Reilly SM, et al. Intestinal FXR agonism promotes adipose tissue browning and reduces obesity and insulin resistance. Nat Med. 2015, 21(2): 159-165. DOI: 10.1038/nm.3761

[4] 張等. Fexaramine通過激動(dòng)腸道FXR改善小鼠非酒精性脂肪性肝病的研究. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2023, 58(11): 3330-3341.

[5] Pathak P, Xie C, Nichols RG, et al. Intestine farnesoid X receptor agonist and the gut microbiota activate G-protein bile acid receptor-1 signaling to improve metabolism. Hepatology. 2018, 68(4): 1574-1588. DOI: 10.1002/hep.29840

[6] Wang Y, Zhang CJ, Yang JQ, et al. Gut-targeted drug proves effective against polycystic ovary syndrome in mice. Drug Target Rev. 2026.

本文涉及的工具化合物僅供科研用途,不可用于人體診斷、治療。瀚香生物(BiochemPartner)專注高品質(zhì)科研用化學(xué)與生化試劑供應(yīng),覆蓋10000+現(xiàn)貨SKU,涵蓋基礎(chǔ)化學(xué)試劑、生物活性分子、醫(yī)藥中間體及信號通路相關(guān)小分子。同時(shí)提供從毫克到公斤級的小分子定制合成服務(wù),由資深博士團(tuán)隊(duì)在雜環(huán)化學(xué)、手性合成及功能化片段構(gòu)建方向提供技術(shù)支撐。有相關(guān)需求的課題組可進(jìn)一步做技術(shù)評估,了解瀚香生物的最新產(chǎn)品動(dòng)態(tài)和定制合成能力。



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