DMT-dG(ib)亞磷酰胺單體全稱：5'-O-(4,4-二甲氧基三苯甲基)-N2-異丁?；?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰基乙基-N,N-二異丙基)亞磷酰胺，白色至類白色固體粉末，易吸潮，溶于無水乙腈、二氯甲烷、DMSO；遇水快速分解。DMT-dG(ib)亞磷酰胺單體可合成普通DNA引物、基因片段、反義寡核苷酸ASO、siDNA、CRISPR向?qū)NA、測序探針等，是實(shí)驗(yàn)室最通用脫氧鳥苷亞磷酰胺單體。

合成方法

活化劑堿(1.1-1.2當(dāng)量)加入到溶劑中，隨后在室溫下加入0.95-1.1當(dāng)量的活化劑酸形成活化劑溶液。在單獨(dú)的容器中約1當(dāng)量的保護(hù)性核苷iBu-DMT-dG溶解于約10當(dāng)量的溶劑中，然后減壓蒸餾出約3當(dāng)量的溶劑THF。約1-1.2當(dāng)量的2-氰基乙基-N,N,N,N’-四異丙基亞磷二酰胺室溫下加入到核苷混合物中，然后室溫下隨著劇烈的攪拌將先前制備的活化劑溶液加入到核苷混合物中。12小時(shí)后，反應(yīng)混合物用甲苯稀釋并用水洗滌。分出有機(jī)層，如果需要經(jīng)硫酸鈉干燥，減壓濃縮。然后利用HPLC技術(shù)計(jì)算所要的酰胺(amidite)的收率，也就是，所得的產(chǎn)物混合物利用適合的洗脫劑通過HPLC柱，使用HPLC峰下的面積確定混合物中產(chǎn)物DMT-dG(ib)亞磷酰胺單體%收率[1]。

衍生物

將化合物12?1 DMT-dG(ib)亞磷酰胺單體(100g,119.06mmol,1eq),N,N?二甲基甲酰胺二甲基縮醛(42.56g,357.17mmol,3eq)加入到盛有甲醇(1.0L)的瓶中,該反應(yīng)在35℃攪拌12小時(shí)。LCMS檢測反應(yīng)完全,反應(yīng)液減壓濃縮。加入乙酸乙酯(1000mL)，用半飽和食鹽水(1000mL)洗滌2次，有機(jī)相用無水硫酸鈉干燥，過濾，濾液減壓濃縮。粗品經(jīng)柱分離(石油醚:乙酸乙酯＝1:0到0:1 ,加0.3％的三乙胺)洗脫,得到類白色固體化合物WX012(57g,收率:58％,純度:99.1％)[2]。

在氬氣氣氛下，向30mL的雙口燒瓶中加入HO?T(S)T?SUC?TOB(250mg，88μmol)、無水二氯甲烷(4.4mL)和無水乙腈(1.3mL)，調(diào)制了溶液。之后，依次加入DMT-dG(ib)亞磷酰胺單體(149mg，176μmol)和5?乙基硫基?1H?四唑(23mg，0.18mmol)，將溶液在室溫下攪拌45分鐘。之后，向溶液中加入2,2,2?三氟乙醇(38μL，0.53mmol)，將溶液在室溫下攪拌30分鐘。接下來，加入水(70μL)和2,2’?二苯并噻唑基二硫化物(59mg，18mmol)，將溶液在室溫下攪拌60分鐘。對溶液的一部分進(jìn)行取樣后，向溶液中依次加入2,3?二甲基呋喃(46μL，0.88mmol)和三氟乙酸(102μL，1.32mmol)，將溶液在室溫下攪拌80分鐘。接下來，向溶液中依次加入吡啶(319μL，3.95mmol)和水(19μL)，將溶液在室溫下攪拌90分鐘。之后，添加乙腈，將析出的固體通過使用了KIRIYAMA漏斗的抽吸過濾回收后，進(jìn)行干燥，得到了作為三聚體的寡核苷酸HO?G(O)T(O)T?SUC?TOB(111mg)[3]。

參考文獻(xiàn)

[1] 霍尼韋爾國際公司. 制備亞磷酸酯化(phosphitylated)化合物的方法:CN03808763.4[P]. 2008-04-09.

[2] 天津藥明康德新藥開發(fā)有限公司,常州合全藥業(yè)有限公司. 一種亞磷酰胺單體的合成方法:CN202411954718.4[P]. 2025-07-01.

[3] 味之素株式會(huì)社. 寡核苷酸的制備方法:CN202280014458.5[P]. 2023-10-13.