靶向代謝組學(xué)主要是涉及已知代謝物的多重分析，包括使用標(biāo)準品進行待測物質(zhì)的絕對定性定量分析；同時使用同位素內(nèi)標(biāo)來提高檢測的靈敏度和增強物質(zhì)定性定量的準確性，減少假陽性的發(fā)生。其不足在于物質(zhì)的覆蓋率有限。

非靶向代謝組學(xué)非是在有限的相關(guān)研究和背景知識的基礎(chǔ)上，對整個代謝組進行系統(tǒng)、全面的分析，獲取大量代謝物的數(shù)據(jù)，并對其進行處理，從而找出差異代謝物的一種研究方法。目前，非靶向代謝組學(xué)分析在生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)、疾病的診斷和機制研究等方面應(yīng)用廣泛，并且為解決一些疾病機制研究的瓶頸問題提供了新的思路和方向。