直接對(duì)提取的全宏基因組DNA建立隨機(jī)小片段文庫(kù)，能夠獲取更多的序列信息。通過(guò)組裝、ORFs預(yù)測(cè)與注釋，通過(guò)各種大型公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相應(yīng)注釋，高精度解析微生物群落結(jié)構(gòu)與功能，包括特色的各種抗性基因、可移動(dòng)元件以及氮循環(huán)基因網(wǎng)絡(luò)分析等。

幾乎所有的病原體均有ＤＮＡ或ＲＮＡ基因組，測(cè)序技術(shù)理論上可有效檢測(cè)出所有病原體基因組，從而為感染性疾病的病原學(xué)診斷提供幫助。下一代測(cè)序或高通量測(cè)序，自2005年問(wèn)世以來(lái)，隨著技術(shù)的成熟和運(yùn)用，其低成本、高效率、高準(zhǔn)確性的特點(diǎn)使之成為臨床鑒定病原體微生物的有利技術(shù)平臺(tái)。宏基因組測(cè)序(ｍＮＧＳ)作為一項(xiàng)新的測(cè)序技術(shù)，在感染性疾病中，特別是常規(guī)診斷方法存在局限性的領(lǐng)域，如新發(fā)傳染病、少見疾病等，對(duì)提高診斷效率和準(zhǔn)確性有巨大的潛力。