5-溴胞嘧啶是胞嘧啶的5位溴代衍生物，為重要的醫(yī)藥中間體與核酸研究工具。白色至類(lèi)白色或淡黃色固體，可溶于甲酸(約50mg/mL)，在水中溶解度較低。5-溴胞嘧啶是合成5-氟胞嘧啶的關(guān)鍵原料，作為核苷類(lèi)似物，用于核酸標(biāo)記、堿基配對(duì)與突變研究，以及作為嘧啶環(huán)構(gòu)建單元，用于雜環(huán)藥物與生物活性分子的合成。
應(yīng)用情況
李清等人研究了三螺旋DNA中胞嘧啶被5-溴胞嘧啶取代后的穩(wěn)定性問(wèn)題。通過(guò)建立CGC,CGBrC,BrCGC和BrCGBrC 4種模型,并采用 Insight Ⅱ軟件包中的Discover程序進(jìn)行計(jì)算模擬,發(fā)現(xiàn)用5-溴胞嘧啶取代三螺旋DNA分子中的胞嘧啶后,整個(gè)分子的穩(wěn)定性有所降低。同時(shí),當(dāng)用5-溴胞嘧啶取代三螺旋DNA不同鏈上的胞嘧啶時(shí),被取代鏈的堿基堆積能顯著增高,導(dǎo)致分子鏈內(nèi)穩(wěn)定性降低,但被取代鏈和相鄰鏈間相互作用能有所降低,使得鏈間作用趨向穩(wěn)定[1]。
專(zhuān)利CN200880011679.7實(shí)施例108中間體6-氨基-5-(4-(三氟甲基)哌啶-1-基)嘧啶-2(1H)-酮的合成：在125mL高壓玻璃容器中，將5-溴胞嘧啶(1.0當(dāng)量)、4-(三氟甲基)哌啶(1.25當(dāng)量)和二異丙基乙胺(1.25當(dāng)量)的N-甲基吡咯烷酮(NMP)溶液(濃度為0.525M)通過(guò)充入氫氣脫氣10分鐘。然后將玻璃容器密封，于120℃加熱3天。反應(yīng)混合物通過(guò)反相HPLC直接純化并冷凍干燥，獲得產(chǎn)物的TFA鹽,為易碎的橙色固體(50%)。LCMS(m/z): 263.0(M+H+)[2]。
專(zhuān)利CN202380041072.8實(shí)施例33步驟1：乙酸(2R,3R,4S,5R)?2?(4?氨基?5?溴?2?氧代嘧啶?1(2H)?基)?4?(芐氧基)?5?((芐氧基)甲基)?5?甲基四氫呋喃?3?基酯。在25℃在N2下，向4?氨基?5?溴?1H?嘧啶?2?酮(0.38g，2.00mmol)在MeCN(15mL)中的混合物一次性添加N,O?雙(三甲基甲硅烷基)乙酰胺(1.22g，6.00mmol)。然后將混合物在70℃攪拌1小時(shí)。在冷卻至25℃之后，在25℃滴加TMSOTf(390mg，1.76mmol)和(3R,4S,5R)?4?(芐氧基)?5?((芐氧基)甲基)?5?甲基四氫呋喃?2,3?二基二乙酸酯(0.5g，1.17mmol)。將所得混合物在25℃攪拌16小時(shí)。然后通過(guò)添加10重量％的檸檬酸水溶液(10mL)淬滅反應(yīng)并用EtOAc(20mL)萃取。將有機(jī)層用鹽水(15mL)洗滌，經(jīng)無(wú)水Na2SO4干燥，過(guò)濾和濃縮。通過(guò)柱色譜法在硅膠上(柱高度：250mm，直徑：100mm，100?200目硅膠，DCM/MeOH＝50/1)純化殘余物，以產(chǎn)生黃色油狀標(biāo)題化合物(0.64g，98％產(chǎn)率)[3]。
參考文獻(xiàn)
[1] 李清,白春禮,Imshik Lee,等. 溴代胞嘧啶對(duì)三螺旋DNA穩(wěn)定性的影響[J]. 計(jì)算機(jī)與應(yīng)用化學(xué),1999(1):9-13. DOI:10.3969/j.issn.1001-4160.1999.01.002.
[2] 諾瓦提斯公司. PIM激酶抑制劑及其應(yīng)用方法:CN200880011679.7[P]. 2010-03-24.
[3] 轉(zhuǎn)位治療股份有限公司. 核苷LINE-1抑制劑:CN202380041072.8[P]. 2025-01-07.