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6-氯-4-嘧啶羧酸在MDM2小分子抑制劑研發(fā)中的應用

2026/7/13 11:47:03 作者:電離式

介紹

6-氯-4-嘧啶羧酸(6-Chloro-4-pyrimidinecarboxylicacid)是一類兼具羧基與芳基氯雙反應位點的缺電子雜環(huán)化合物,可通過官能團轉化構建氮雜吲哚酮母核,實現MDM2抑制劑的骨架雜原子修飾與構效關系拓展。分子式為C?H?ClN?O?,嘧啶環(huán)上的兩個鄰位氮原子使其具有電子效應與氫鍵作用能力。

6-氯-4-嘧啶羧酸.jpg

圖一 6-氯-4-嘧啶羧酸

反應特性

6-氯-4-嘧啶甲酸的羧基可通過HATU、CDI、EDCI等常規(guī)縮合試劑活化,與伯胺、仲胺發(fā)生酰胺化反應,也可經還原、酯化轉化為醇或酯類衍生物,實現骨架延伸;受嘧啶環(huán)吸電子效應影響,6位氯原子具有優(yōu)異的親核取代活性,可與胺、醇、硫醇等發(fā)生芳香親核取代(SNAr)反應,也可通過Suzuki、Stille等鈀催化交叉偶聯反應引入芳基、雜芳基取代基,實現結構多樣化修飾。嘧啶環(huán)的氮原子可作為氫鍵受體,增強藥物分子與靶點蛋白的相互作用,同時改善分子的水溶性與成鹽潛力;缺電子的芳環(huán)特性可降低芳環(huán)氧化代謝風險,提升化合物的體內代謝穩(wěn)定性。

在MDM2抑制劑研發(fā)中的應用

螺環(huán)抑制劑的雜環(huán)母核合成

經典螺環(huán)MDM2抑制劑的核心骨架為螺[環(huán)己烷-1,2'-吡咯烷-3',3''-吲哚]-2''-酮,其中吲哚母核的氯代苯環(huán)深入MDM2的Trp23疏水口袋。將吲哚苯環(huán)替換為含氮雜環(huán),通過雜環(huán)氮原子與蛋白骨架形成額外氫鍵,提升結合親和力;同時調整分子脂水分配系數,改善藥代動力學性質。6-氯-4-嘧啶甲酸是構建6-氯吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-酮(氮雜氧吲哚)母核的核心起始原料。該母核與吲哚酮具有高度相似的空間構型,可完美契合Trp23結合口袋,同時嘧啶環(huán)的雙氮原子可提供額外的氫鍵作用位點。

以6-氯-4-嘧啶甲酸為原料的MDM2抑制劑合成遵循1,3-偶極環(huán)加成的骨架構建策略,與經典螺環(huán)吲哚抑制劑的合成路線兼容。首先,6-氯-4-嘧啶甲酸經官能團轉化、環(huán)化反應構建6-氯-5H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-酮(氮雜氧吲哚)中間體;隨后該中間體與3-氯-2-氟苯甲醛發(fā)生羥醛縮合,得到(E)-6-氯-3-(3-氯-2-氟亞芐基)-5H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-5-酮,即環(huán)加成反應的親偶極體。在后續(xù)的1,3-偶極環(huán)加成反應中,該親偶極體與手性嗎啉酮、環(huán)己酮等底物反應,一步構建螺環(huán)吡咯烷核心骨架;再經開環(huán)重排、酰胺化縮合等步驟,得到最終的含嘧啶母核螺環(huán)MDM2抑制劑。整個合成路徑中,6-氯-4-嘧啶甲酸的羧基與氯原子分別參與了吡咯并嘧啶母核的環(huán)化與取代基保留。

含嘧啶母核抑制劑的構效關系

針對氧吲哚苯環(huán)的氮雜替換研究顯示,將苯環(huán)替換為6-氯-4-嘧啶羧酸的單氮吡啶環(huán)或雙氮嘧啶環(huán)后,化合物仍可保持納摩爾級的MDM2結合活性。含嘧啶母核的衍生物對MDM2的Ki值可達13~14nM,雖略低于苯環(huán)母核的先導化合物,但證明了嘧啶母核與MDM2結合口袋的良好兼容性。

合成的化合物在不同有機溶劑中的穩(wěn)定性.png

圖二 合成的化合物在不同有機溶劑中的穩(wěn)定性

作用機制

6-氯-4-嘧啶羧酸的嘧啶環(huán)的氮原子作為氫鍵受體,可與MDM2蛋白Trp23附近的氨基酸殘基形成弱氫鍵相互作用,部分補償苯環(huán)疏水作用的損失;同時,6位氯原子的空間排布與原吲哚母核的氯取代基一致,可深入疏水口袋底部,維持關鍵的范德華相互作用。此外,缺電子的嘧啶母核降低了芳環(huán)電子云密度,減少了體內氧化代謝的風險[1]。

參考文獻

[1] AGUILAR A, LU J, LIU L, et al. Discovery of 4-((3′R,4′S,5′R)-6″-Chloro-4′-(3-chloro-2-fluorophenyl)-1′-ethyl-2″-oxodispiro[cyclohexane-1,2′-pyrrolidine-3′,3″-indoline]-5′-carboxamido)bicyclo[2.2.2]octane-1-carboxylic Acid (AA-115/APG-115): A Potent and Orally Active Murine Double Minute 2 (MDM2) Inhibitor in Clinical Development[J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2017, 60(7): 2819-2839.

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